舞台は青く澄んだ海と、抜けるような白い空が自慢の漁業が盛んなセトナ海の港町「トトタウン」。

そんな小さく平和な町にある異変が起き始める。町の子供たちが次から次へと多種多様な病気にかかっていったのだ。

町唯一の小児科院には来院患者が引っきりなしに訪れ、医院では連日の大パニックが続いていた。

そんな異変をものともせず、いつも通り元気に学校に向かう二人の少年少女。それが物語の主人公で大パニックの小児科院・院長を父に持つ兄妹「海(カイ)」「空(ソラ)」である。

ある日、二人は父が忙しいのを好機とばかりに普段は父の監視の目が厳しく、立ち入る事の許されない「蔵」にこっそり忍び込む。

そこで二人は自分たちのルーツを記した巻物と奇妙な道具や武器のようなものを発見する。巻物にはこう記されていた。

『我ら水軍。七つの海をまたにかけ、民達の壮健を害せし“見えざる敵”を討ち滅ぼす者なり』二人の先祖はセトナ海を拠点として世界各地にはびこる「ばい菌」「病原菌」「ウィルス」を退治、駆除してきた勇猛果敢なバイKINGだったのだ。